Yr oedd dyddiau cythryblus y rhyfeloedd cartref ar fin dod, a suddodd y profedigaethau i'w dyfnder isaf gyda Deddf Taenu yr Efengyl (1650-3). Dywaid Tout na throwyd George Griffith allan o Lanymynech; hanner y gwir yw hynny, cafodd ganiatâd i gadw Llanymynech ar yr amod iddo droi ei gefn ar Landrinio, canys yr oedd y Ddeddf honno yn gosod llaw farw ar ddal mwy nag un fywoliaeth. Yn bur fuan aeth yn ffrae wyllt rhwng y Doctor a'r Piwritan Vavasor Powell, dewr ei galon a phwerus ei lais, gŵr a wyddai am bob modfedd o fynydd-dir Maesyfed a gwlad wastad Trefaldwyn Isaf; cawsant ddadl gyhoeddus yn yr awyr agored yn y Capel Newydd; gwaith Griffith yno oedd amddiffyn gweddïau ar lyfr yn hytrach na gweddi o'r frest; yn wir, llwyddodd y ddau i redeg ar ôl ei gilydd i bedair congl dadleuaeth ar ffurfiau addoli a llywodraeth eglwysig. Yr oedd y ddwy ochr yn crio buddugoliaeth; cyhoeddodd plaid Vavasor bamffled yn rhoddi'r hanes, a phlaid y Doctor dri o bamffledau. Er mor ddygn yr amddiffynnai y safon Anglicanaidd, gadawyd iddo aros yn Llanymynech hyd yr Adferiad, ac aeth dipyn o ffordd i gydnabod y caredigrwydd hwn drwy gymeradwyo pregethwyr i sylw'r ‘Triers’ Piwritanaidd (rhyw Biwritaniaid go arwynebol oedd y rhan fwyaf o'r pregethwyr hyn).

Pan ddaeth yr Adferiad yr oedd gyda'r cyntaf i'w benodi'n esgob, esgob Llanelwy. Yn Nhy'r Arglwyddi yr oedd iddo ran yn saernïo Deddf Unffurfiaeth 1662, a gofalu bod Llyfr y Weddi Gyffredin yn dod allan yn ddianaf o'r dadleuon. Yn yr esgobaeth mynnodd gadw at reol yr esgob Owen fod pregethu Cymraeg i fod yn eglwys blwyf Llanelwy, ac nid oedd dim trugaredd ganddo at glerigwyr diog a drwgfucheddus; tu allan i'r esgobaeth, yn 1664, penodwyd ef (gydag esgob Llundain) i ddatrys dwy broblem astrus yn esgobaeth Tyddewi. Bu f. fis Tachwedd 1666, gan adael un dirgelwch go fawr heb ei egluro; pan ofynnwyd iddo gan yr archesgob Sheldon yn 1665 pa nifer o weinidogion a drowyd allan yn esgobaeth Llanelwy wedi'r Adferiad, dywedodd ar ei ben ‘dim un,’ pryd y cydnabyddir gan haneswyr o'r ddwy ochr fod yno amryw ohonynt.

Yn 1684, 18 mlynedd wedi ei farw, cyhoeddwyd yn Rhydychen waith o'i eiddo, Plain Discourses on the Lord's Supper, a'r flwyddyn 1685, yn Rhydychen eto, waith arall, Gweddi'r Arglwydd wedi ei hegluro o dan olygiaeth William Foulkes [q.v.], rheithor Llanfyllin. Mae peth lle dros gredu fod ail argraff-iad wedi ymddangos yn 1716, ond mwy o sicrwydd ynghylch argraffiad Caernarfon yn 1806, o dan nawdd y ‘Bangor Tract Society.'