Nid oedd yn y wlad ŵr mwy pwerus na Philip Jones yn ystod dyddiau'r ddau Ddiffynnydd. Yr oedd yn un o brif aelodau'r Cyfrin Gyngor (‘Council of State’) ac ar fyrdd o is-bwyllgorau; yr oedd ar y pwyllgor i ddelio ag areithiau pryfoclyd pobl fel Vavasor Powell [q.v.] yn niwedd 1653, ac i ddraftio deddf newydd i gadw'r fath rysedd o fewn terfynau rheswm; ef oedd prif aelod y ddirprwyaeth yn 1655 i ddwyn heddwch rhwng marsiandwyr Llundain â brenin Portugal. Ei weled ef yn dod i mewn gyda thrysorydd y Taeniad yng Ngogledd Cymru a lonyddodd feirniadaeth ‘accountants’ Llundain ar y gŵr hwnnw; ac y mae mor sicr â dim mai ei air ef yn y cyngor a gadwodd ysgol ramadeg Botwnnog rhag cael ei symud i Bwllheli. Annhebyg iddo anghofio ei dref enedigol; drwy ei ddylanwad ef cafodd Abertawe ddwy siarter, un yn 1655 a'r llall yn 1658, drwy'r hon y daeth y dref yn fwrdeisdref.

Nid oedd iddo ddim cydymdeimlad â'r eithafwyr penboeth; hyn a eglura iddo eistedd yn Nhŷ Arall Cromwell fel Philip Lord Jones, iddo wneud ei orau i ddarbwyllo Oliver i fod yn frenin, iddo gael ei benodi'n ben ar lys y Diffynnydd i lywio'r trefniadau teuluol (ef a drefnodd yr angladd urddasol yn Nhachwedd 1658). Wedi ymneilltuo o Richard Cromwell, daeth Jones ar unwaith yn darged i'r pamffledwyr brenhinol ac i eithafwyr y fyddin; a gwelodd cyn gynted â neb nad oedd fodd cadw'r brenin allan, ac mai da oedd dod i gymrodedd â'r awdurdodau newyddion. Bu moment beryglus yn Senedd biwus y ‘Convention’ (Mehefin 1660) pan enwyd ef fel un a haeddai gosb am y rhan amlwg a gymerth yn nhymor y Weriniaeth, ond gofalodd ei gyfeillion am fygu'r bwriad, gyda chymorth geiriau o edifeirwch a arwyddwyd gan Jones ei hun. Yn 1661 daeth llys ‘consistory’ Tyddewi â chyhuddiad yn ei erbyn o ddwyn ymaith (flynyddoedd yn ôl) organau Eglwys Fair yn Abertawe, ond erys yn gofnod moel ar y llyfrau, ac ni chlywyd gair pellach amdano. O ran hynny, beth bynnag am sen offeiriaid a dygasedd rhai Brenhinwyr, yr oedd Philip Jones wedi paratoi gwely plu iddo ei hun o dan y drefn newydd drwy garedigrwydd a chymwynas i Frenhinwyr eraill yn nyddiau ei nerth (enghraifft dda o hynny yw ei ddedfryd yn 1656 o blaid Ann, merch un o Fanseliaid sir Gaerfyrddin, a nith i brifathro difuddiedig Coleg Iesu). Ymneilltuodd i'r tiroedd a brynasai yn Ffonmon ym Mro Morgannwg; bu'n uchel siryf yn 1671, a bu f. ar 5 Medi 1674, oed 56. Un o dystion ei ewyllys olaf oedd Robert Thomas o Lanfihangel ger y Bont-faen, aelod seneddol dros Gaerdydd, un o'r pum boneddwr a dystiodd yng Nghastellnedd yn 1655 fod cyfrifon Philip Jones a'i gymrodyr yn gywir i'r geiniog. Ac yr oedd enw ei fab ieuengaf, OLIVER JONES, a anwyd yn 1654, yn atgof byw o'r hen gyfeillgarwch gynt â theulu Cromwell.