Y mae'n bosibl iddo fod yn ficer Llanbadarnfawr , sir Aberteifi , o 1572 hyd 1577 . Daeth wedyn yn ficer y Trallwng ( 1575-9 ), rheithor segurswydd Dinbych ( 1575-96 ), ficer Llanrhaeadr-ym-Mochnant ( 1578-95? ), a Llanarmon ( 1578-95? ), rheithor Llanfyllin ( 1579-1601 ), ac yn berson Pennant Melangell ( 1588-95 ). Gan gymaint gelyniaeth rhai o'i blwyfolion, helynt ddiflas a gafodd yn Llanrhaeadr . Ifan Meredith , o deulu Lloran Uchaf , oedd ei elyn pennaf, ac enynnwyd ei lid gyntaf pan lwyddodd Morgan i gael aeres gyfoethog i briodi Robert Wynn o Wydir , ar draul gobeithion nai Meredith . Yn 1579 , bu Morgan yn un o'r tystion mewn achos cyfreithiol ynghylch dilysrwydd priodas Meredith , ac ar yr achlysur hwnnw y daeth i gysylltiad gyntaf â'r archesgob Whitgift , a'i cefnogodd yn fawr yn ei waith o gyfieithu . Canlyniad y cwerylon hyn oedd yr achosion a ddygwyd gan Morgan , a gwrth-achosion ei elynion, yn Llys y Seren ac o flaen Cyngor y Gororau , 1589-91 . Tystia cofnodion Llys y Seren mai offeiriad cydwybodol oedd Morgan ar y cyfan, yn cael ei flino lawer gan falais ei elynion.

Y mae'n bosibl i Morgan ddechrau ar y gwaith o gyfieithu'r Beibl cyn gadael Caergrawnt ; y mae'n sicr iddo'i orffen yn Llanrhaeadr — cryn gamp ag ystyried y gecraeth annifyr a fu yno. Trwy radlonrwydd Gabriel Goodman [q.v.] , bu modd iddo aros yn Llundain i arolygu argraffu ei Feibl , a ddechreuwyd tua diwedd 1587 . Fe'i cyhoeddwyd rywbryd rhwng mis Medi a 20 Tachwedd 1588 . Wrth gyflwyno'r llyfr i'r frenhines Elisabeth , dadleuodd yn huawdl gymaint oedd yr angen amdano. Er bod iaith ei Feibl braidd yn bedantig, fe'i nodweddid gan rym a phurdeb y farddoniaeth glasurol ynghyd ag ystwythder a helaethder newydd mewn mynegiant. Ei waith oedd gwir sylfaen llenyddiaeth (a Phrotestaniaeth ) Cymru fodern. Yn 1588 , hefyd, cyhoeddodd ei gyfieithiad o'r Salmau ar wahân.

Ar 30 Mehefin 1595 cysegrwyd ef yn esgob Llandaf , ond cadwodd fywoliaeth Llanfyllin , a rhai o'i fywiolaethau eraill o bosibl. Symudwyd ef yn 1601 i Lanelwy , esgobaeth a oedd ychydig yn gyfoethocach. Ildiodd ei fywiolaethau eraill, ond daliodd archddiaconiaeth Llanelwy ‘in commendam.’ Fel esgob , yr oedd yn taer gefnogi pregethu ac ailadeiladu. Gymaint oedd ei awydd i warchod meddiannau tymhorol yr esgobaeth fel yr aeth yn gynnen boeth rhyngddo a David Holland , Teirdan , ac yn boethach fyth rhyngddo a Syr John Wynn [q.v.] . Bu f. 10 Medi 1604 . Priododd Catherine ferch George , gweddw William Lloyd , ond ni bu iddynt blant.