Yr oedd Thomas Rees yn bregethwr mawr ei fri, yn emynydd, yn esboniwr (cyfieithodd Barnes ar y Testament Newydd, 1860, a chyhoeddodd lyfrau eraill yn yr un maes), ac yn un o gychwynwyr Yr Adolygydd, 1850, y cylchgrawn chwarterol cyntaf a fu gan yr Annibynwyr yng Nghymru. Ond fel hanesydd Ymneilltuaeth ac Annibyniaeth Cymru y cofir ef. Yr oedd ganddo flas at hanes er yn fore. Llyfr adnabyddus iawn yw ei History of Protestant Nonconformity in Wales, 1861, a helaethwyd yn 1883. Bu sôn am iddo gydweithio â David Morgan (1779-1858) [q.v.], ond nid oedd yn fodlon ar waith Morgan, ac yn 1852 yr oedd wedi awgrymu i John Thomas (1821-1892) [q.v.] ymuno ag ef i sgrifennu hanes eu henwad; cytunwyd ar hynny yn 1862; dechreuwyd cyhoeddi'r gwaith yn 1870, a chwpláwyd ef yn 1875, yn bedair cyfrol — chwanegodd John Thomas bumed yn 1891. Y cynllun gwreiddiol oedd i Rees ddelio â'r eglwysi hynaf, a Thomas â'r diweddarach; ond dryswyd peth ar y cynllun gan ddiffyg a ddaeth ar olygon Thomas Rees a'i orfodi i adael eglwysi sir Gaerfyrddin, a oedd mor hynafol ac mor bwysig, i'w gydweithiwr; at ei gilydd sgrifennodd Thomas fwy na hanner y gwaith, ac odid nad efe, yn hytrach na Rees, a oedd yn gyfrifol am y doethinebu sy'n dreth ar amynedd darllenwyr. Beirniadwyd llawer ar Thomas Rees fel hanesydd — yn neilltuol, cyhuddwyd ef o gulni enwadol, ac yn wir yr oedd yn Annibynnwr hynod selog; er ei fod (fel y tystia pawb a'i hadwaenai) yn ddyn caredig iawn ac yn cydweithredu'n hollol barod â gwŷr o enwadau eraill, eto prin y gellir priodoli iddo'r llarieidd-dra sy'n nodweddu Joshua Thomas [q.v.]. Ond hawdd yw maddau ei ragfarnau pan ystyriwn rinwedd ynddo sy'n beth mawr iawn mewn hanesydd, sef meistrolaeth anarferol ar ffynonellau. Ffroenai ‘ddefnyddiau’ o bell ffordd; teithiai'n ddiwyd o ardal i ardal i gasglu gwybodaeth leol; chwilotai'n ddyfal mewn llyfrgelloedd a chronfeydd. Gwelodd werth yr hen ‘Lyfrau Eglwys’ Ymneilltuol, pan na roddai eraill fri arnynt; aeth rhai o'r rhain ar goll rhwng ei ddyddiau ef a'n dyddiau ni, ac oni bai amdano ef ni wyddem ni heddiw ddim am eu cynnwys. Ei wendid oedd ei anallu, digrif bron, i ddyfynnu dogfennau'n fanwl gywir. Heb unrhyw ddrwg-fwriad — ond ysywaeth heb fymryn o rybudd — byddai'n eu talfyrru, yn eu haralleirio, yn ‘cyfleu eu hystyr’; a chan na chytuna pawb â'i ‘ddarlleniad’ ef ohonynt, y mae'n aml yn rhaid ailgribinio ar ei ôl. Ond cofier na chafodd fymryn o hyfforddiant. Y mae ei waith yn gwbl anhepgor i haneswyr heddiw. Ac o ystyried gyda'i gilydd ei rychwant amseryddol helaethach, ei gylch daearyddol lletach, ei drefnusrwydd, a sadrwydd cyffredin ei fanylion, y mae Hanes Eglwysi Annibynol Cymru yn rhagori ar ein llyfrau ‘safonol’ eraill ar hanes eglwysig yng Nghymru.