Yn 1925 dilynodd (Syr) Alfred T. Davies (q.v.) yn bennaeth adran Gymreig y Bwrdd Addysg, ac yno ar unwaith bu'n foddion i sicrhau cydweithgarwch da, er cryn fantais i'r adran Gymreig a oedd eto yn newydd a dibrofiad. Felly hefyd yng Nghymru enillodd ddealltwriaeth hapusach rhwng yr adran Gymreig yn Llundain â'r Bwrdd Canol yng Nghymru.

Yn ystod ei wasanaeth yn y Bwrdd Addysg cyhoeddwyd (1931) adroddiad pwysig ar ‘Broblemau Addysg yn ardaloedd Gweithfaol Deheudir Cymru’ a fu'n foddion i gynhyrchu datblygiadau newydd yn addysg y werin. Bu Watkins bob adeg yn gefn i addysg y werin, ac yr oedd ymysg y cwmni bychan i osod coleg Harlech ar ei draed yn 1927. Hefyd (yn 1927) cyhoeddwyd gan y Bwrdd Addysg adroddiad pwyllgor adrannol, sef Y Gymraeg mewn addysg a Bywyd. Aeth Watkins a'i holl egni i wneuthur awgrymiadau y pwyllgor yn hysbys ac effeithiol. Trefnodd i arolygu safle'r iaith yn yr ysgolion, a chymhellodd arolygwyr y Bwrdd i archwilio yn llwyr bob agwedd ar addysgu Cymraeg a Saesneg yn yr ysgolion. O ganlyniad cafwyd dau femorandwm yn cynnwys awgrymiadau ar gyfrannu addysg yn y Gymraeg ac yn Saesneg yn yr ysgolion. Dyma'r ymdrech swyddogol gyntaf i osod gerbron athrawon yr ysgolion elfennol rai egwyddorion y gallent ymddiried ynddynt i ddatrys problemau'r iaith. Penderfynodd Watkins yn 1933 ymddeol o'i swydd yn y Bwrdd Addysg i ymgymeryd â chyfarwyddo Cyngor y Gwasanaeth Cymdeithasol yn y Deheudir, er cryn golled iddo yn ariannol. Am y deng mlynedd olaf o'i oes cyflwynodd ei hunan i'r gwaith hwn gyda'r unplygrwydd anhunanol a dyngarol a oedd mor amlwg yn ei nodweddu ar hyd ei oes.

Pr., 1898, Mary Jane Jones, Llanfyllin, a ganwyd iddynt un mab. Yn 1930 gwnaethpwyd ef yn farchog, a derbyniodd radd LL.D. (‘er anrhydedd’) gan Brifysgol Cymru. Bu f. Lady Watkins yn 1939 ac ail-briododd yntau yn 1941. Bu f. ar 5 Mai 1946. Yn ychwanegol at amryw erthyglau a memoranda cyhoeddodd hunan-gofiant yn 1944 o dan yr enw A Welshman Remembers.