Yr oedd yn Rhyddfrydwr i'r carn ac yn wrthwynebus i'r Rhyddfrydwyr hynny a ymunodd mewn clymblaid o dan Lloyd George yn 1918, ond erbyn 1933 enynnodd gymeradwyaeth wresog Lloyd George am fynegi'n ddifloesgni mai dyletswydd Rhyddfrydwr ydoedd gadael y Llywodraeth Goalisiwn. Yn ystod Rhyfel Byd II yr oedd yn frwd o blaid yr ymgais i gael ysgrifennydd gwladol i Gymru a phasiwyd ei gynnig i'r perwyl yn unfryd gan gynhadledd yr awdurdodau lleol yn Amwythig ym Meh. 1943.

Yr oedd Thomas Waterhouse yn enghraifft dda o ŵr o gyff cwbl Seisnig a wreiddiodd yng Nghymru ac a'i gwasanaethodd yn ddeheuig a diflino. Gan nad oedd achos gan y Wesleaid Saesneg yn Nhreffynnon, ymunodd aelodau'r teulu â'r Annibynwyr Saesneg a buont yn gefn sylweddol i'r achos. Cymen ac urddasol yn ei ymarweddiad allanol, yr oedd gan Thomas Waterhouse feddwl clir, gwydn a theg, a sylweddolai'r sawl a'u hadnabu'n dda fod ganddo hefyd galon gynnes a hiwmor byw. Gŵr eofn, egwyddorol, annibynnol ydoedd a chynhaliodd am dros hanner canrif y safonau uchaf ym mywyd cyhoeddus ei sir a'i wlad. Pr. Doris Helena Gough, Olton, swydd Warwick, yn 1915 a bu iddynt bedwar mab ac un ferch. Bu f. 3 Gor. 1961. Ceir darlun ohono yn swyddfa cyngor sir y Fflint, yr Wyddgrug, ac un yng nghartref ei fab, Syr Ronald Waterhouse, Barnwr yr Uchel Lys.